潔凈室的設計應考慮人員和物料的移動。這意味著諸如藥品生產之類的關鍵過程應與布局中的主要途徑隔離開。這些過程必須防止交叉污染。

潔凈室內的空氣潔凈度很重要，它將決定潔凈室的整體設計和要求。您需要的潔凈度等級越高，潔凈室清潔度所要求的標準就越嚴格。級別范圍從1到100,000，數字越小表示清除顆粒的標準越高。

空間供應氣流的數量取決于潔凈室的潔凈度等級以及通過潔凈室進入的流量和顆粒物的數量。

正壓可用于將空氣推出房間并防止污染。還需要考慮房間之間的壓差，因為一定的壓差不僅會影響交叉污染，還會影響維持壓力所需的能量以及開門和關門的難度。

當不同壓力差的房間之間的門打開時，空間的滲出流量與空氣從一個房間到另一個房間的流動有關。空氣向哪個方向移動？它應該向哪個方向移動？良好的潔凈室設計應仔細控制氣流。

空間的空氣平衡與房間之間的整體空氣流動有關，要考慮到當前的空氣，空氣的流出和進入房間的空氣。這個變量在潔凈室的設計方式中也起著重要作用。

專屬系統可用于管理溫度和濕度。除非潔凈室過程要求較高的溫度，否則應計劃較低的室溫以考慮到現有的工作人員及其溫暖的衣服（全套工作服，頭罩，護目鏡，口罩和手套）。另一方面，濕度應保持在一定程度，以防止由于較高的靜電放電而使顆粒不粘附在表面上，但濕度不能過高，以使微生物/細菌繁殖。具有層流氣流的HEPA過濾器也可以處理顆粒。

機械系統布局是潔凈室設計的依據。這方面可能會受到諸如空間可用性，可用資金，項目要求，分類級別，能源，建筑規范和當地氣候等變量的影響。

潔凈室的供暖和制冷計算應考慮以下因素：所需的氣候，空氣流動，加濕器歧管熱量，過程負荷和再循環風扇熱量。

最后，用于保持潔凈室清潔的機械系統需要多少空間？將會建立什么樣的潔凈室分類，并且必須潔凈多少？該設計可能需要根據需要為機械騰出空間：過濾器，加熱/冷卻盤管，風扇，消音器，回風風扇，排氣室等。